La sommità dei bastioni calcarei sono colonizzate da praterie nelle quali crescono faggi, generalmente in forma cespugliosa, ma che talvolta raggiungo ragguardevoli dimensioni. I due rilievi si alzano su versanti nettamente distinti: in quello toscano l'ambiente è dominato da calanchi e pascoli, mentre il versante marchigiano è coperto da boschi formati prevalentemente da cerro, faggio, carpino bianco, carpino nero ed orniello. Nel sottobosco vivono numerose specie erbacee ed arbustive, talora molto rare per questo tratto appenninico, come il bel viburno opalo, dalle grandi ombrelle bianche, e la berretta da prete maggiore, dai frutti rosa a forma di lampioncino. Sulle argille che circondano i Sassi vive la spinosa ononide di Masquilleri (Ononis masquilleri), una pianta dai fiori rosa endemica dell'Appennino settentrionale, e sui fianchi dei bastioni troviamo interessanti specie rupicole come il pero corvino, un piccolo arbusto dalla stupenda fioritura bianca, la dafne spatolata (Daphne oleoides), l'ontano bianco, il ribes alpino e quello multifloro (Ribes multiflorum) ; sui pendii erbosi umidi vive la pinguicola (Pinguicola vulgaris), una pianta carnivora dai fiori violetti.